Ứng dụng công nghệ thông tin trong sàng lọc các chất kháng virus SARS-CoV-2 từ quả cà dại hoa trắng Solanum torvum Sw. Solanaceae

Người thực hiện: Phan Thiện Vy

Tóm tắt kết quả: Kết quả nghiên cứu cho thấy, 91 chất có trong quả S. torvum đều docking thành công trên một hoặc nhiều đích tác động của SARS-CoV-2. Đặc biệt các hợp chất này còn cho kết quả khả quan trên 7TLL – một protein chính của biến chủng Omicron. Kết quả đề tài cũng tìm thấy hợp chất TorvanolA có điểm số docking tốt trên protein 6LU7 tương tự với nghiên cứu của in silico của Vaithilingam và cộng sự, nhưng có sự mở rộng và đa dạng về cơ sở dữ liệu và đích tác động trên virus này [5]. Từ kết quả docking tìm thấy 5 chất được dự đoán có hoạt tính tốt nhất trên cả 6 đích tác động khác nhau của SARS-CoV-2, Quercetin, TorvanolA và Rutin, thuộc nhóm flavonoid, Acid clorogenic, Acid 4O-caffeoyl quinic thuộc nhóm dẫn xuất của acid quinic. Cả 5 hợp chất đều tạo các liên kết hydro, liên kết bề mặt và liên kết aren với các acid amin chính trong khoang gắn kết của các đích tác động. Từ đó cho thấy cả 5 hợp chất có tiềm năng ức chế virus.
Phân tích sâu hơn về khả năng gắn kết của 5 hợp chất trên đích tác động 6LU7 bằng phương pháp MD cho thấy phức hợp Quercetin và Acid clorogenic với Mpro ổn định trong suốt quá trình mô phỏng. Số lượng liên kết hydro cao (12,99 ± 5,21 và 15,38 ± 5,60) và ái lực gắn kết tốt (-18,02 ± 2,46 và -16,51 ± 5,43 kcal.mol-1) cho thấy đây là hai hợp chất có tiềm năng ức chế SARSCoV-2. Điều này phù hợp với kết quả nghiên về tác dụng của quercetin [78-80] cũng như acid clorogenic [81], [ 82] trên SAR-COV-2 đã được công bố trước đây.
Dự đoán đặc tính dược động học và độc tính chỉ ra rằng hai hợp chất Quercetin và Acid clorogenic đều đáp ứng định luật Lipinski, Pfizer và GSK. Về khả năng gây độc, hai dẫn chất của acid quinic là Acid clorogenic và Acid 4O-caffeoyl quinic không gây các tác dụng bất lợi trên người.
Kết quả của nghiên cứu cho thấy tiềm năng của quả S. torvum trong hỗ trợ điều trị SARSCoV-2. Nhóm tác giả đề nghị tiến hành phân lập hai hợp chất Quercetin và Acid clorogenic từ quả cà dại hoa trắng, đồng thời thực hiện thêm các thử nghiệm in vitro ức chế virus SARS-CoV-2 từ cao chiết của quả và hai hợp chất này